La Comissió de Recerca de la Fundació Salut Empordà (FSE) és un òrgan de participació, debat i consens, que actua com a assessor de la direcció de l'entitat i col·labora amb l'Institut de Recerca Glòria Compte. Les seves principals funcions són estimular, assessorar i canalitzar la recerca que es porta a terme en els diferents centres de la Fundació. Aquesta comissió està formada per 12 professionals voluntaris que avaluen les propostes de projectes, tant els desenvolupats dins de la pròpia FSE com les propostes externes, ja siguin amb finalitats comercials o no. Alhora, reben el suport de la persona representant de protecció de dades.